En théorie ca revient au même de passer par le gestionnaire de windows, que par n'importe quel programme, mais en pratique c'est plus compliqué.
Parfois, Ccleaner verra des choses qu'on ne voit pas avec l'outil de windows, parfois c'est l'inverse.
D'ailleurs il est possible de désactiver les démarrage d'une autre manière encore. Par l'éditeur de registre, en allant fouiller dans la clé qui concerne les démarrages, ou encore dans le programme lui même.
Du coup on laisse comme ca ou tu veux essayer de le désactiver une fois pour toute au démarrage?